Indeksisijoittamisella sijoittamisen kulut pysyvät yleensä hyvin kurissa. Esimerkiksi passiivisesti hallinnoitujen ETF-rahastojen hallinnointipalkkiot (tyypillisesti 0.08-0.85 %) ovat huomattavasti pienempiä kuin perinteisten sijoitusrahastojen.

ETF-osuuksien ostoista ja myynneistä sijoittaja joutuu kuitenkin maksamaan välityspalkkion, aivan kuten osakkeiden kaupassa. Osuuksien säilytyksestä menee lisäksi mahdollisesti tili- ja säilytysmaksut. Kiinteiden kustannusten (välityspalkkiot) ansiosta ETF:t eivät sovellu pienten säännöllisten sijoitusten tekemiseen. Välityspalkkiot syövät helposti sen edun joka edullisissa hallinnointipalkkioissa saavutetaan. Pienet säännölliset sijoitukset onkin edullisempaa suunnata tilanteen mukaan indeksirahastoon tai hoidettuun sijoitusrahastoon.

Markkinoilla on myös indeksi-sijoitustuotteina markkinoituja kohteita, joiden todelliset kulut ovat huomattavan korkeat vertailukelpoisiin sijoituksiin nähden. Sijoittajan kannattaakin aina tehdä huolellista kuluvertailua eri vaihtoehtojen kesken.